多囊肾可通过药物、肾脏替代、手术的方式治疗。
1.药物。在出现多囊肾时，为了延缓肾功能恶化，可在医生指导下使用西罗莫司、托伐普坦等药物，可以降低环磷酸苷酯的数量，防止细胞增殖。如果引起出血，也可使用止血类的药物，比如注射用血凝酶或者口服卡络磺钠片等。
2.肾脏替代。若多囊肾已经进展至终末期，需采取肾脏替代治疗，其中包括腹膜透析、血液透析，可以消除血液中的代谢产物以及有害物质。
3.手术。若多囊肾患者频繁出现腹胀、疼痛、感染等情况，并且使用药物治疗不理想时，也可做肾切除术；可根据个人情况做肝叶、肝段切除术，能够切除多囊改变的肝脏，防止肝脏体积过大对周围器官造成压迫。
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